C O L U M B U S es administrada por una Junta Directiva, cuyos miembros son designados por la Asamblea General por un periodo de dos años. La Junta Directiva se compone de 8 rectores miembros, 4 europeos y 4 latinoamericanos.

Órgano ejecutivo que desarrolla las acciones aprobadas por la Junta Directiva. Las universidades miembros reciben apoyo del Secretariado en todo momento para la identificación y contacto con universidades europeas y latinoamericanas; para la representación de sus miembros en las oficinas de la UNESCO en París y en Bogotá; para la consulta sobre cualquier iniciativa de cooperación internacional y asesorías puntuales.